A ventiquattro anni è professore di Diritto Romano presso l’Università degli Studi di Catania, di cui sarà Preside della Facoltà di Giurisprudenza dal 1944 al 1950 e Rettore dal 1950 – a trentanove anni – al 1974.
Il primo gesto da Rettore del prof. Sanfilippo fu un simbolico viaggio nel novembre 1950 a Trieste per donare una bandiera tricolore alla locale università.
Al prof. Sanfilippo l’Università di Catania deve tra l’altro la Città Universitaria con il Policlinico e la Scuola di infermieri, le Facoltà di Ingegneria, Scienze politiche, Lingue, Scienze
Biologiche, Scienze Geologiche, Chimica Industriale; la Scuola di perfezionamento in Archeologia e Storia del Dramma Amico; la Tipografia Universitaria; il Consorzio per il potenziamento dell’Ateneo e la valorizzazione dell’Opera universitaria.
Nella sua lezione di congedo dall’insegnamento nel 1981, così si rivolse ai suoi studenti:
“Mi rivolgo infine ai miei studenti, ai miei 30 mila studenti di cinquanta corsi di Camerino, di Messina, di Catania.
E non solo a quelli che individualmente ricordo e che vedo occupare i più alti posti di responsabilità: Cattedratici, alti
Magistrati. Generali, Prefetti, Avvocati, Dirigenti delle pubbliche amministrazioni, Parlamentari, Presidenti della nostra Regione, Sottosegretari di Stato, Ministri della Repubblica.
Non solo ad essi, no, che pure mi riempiono I’anima di soddisfazione e di orgoglio, ma a tutti quegli altri (anonimi e sconosciuti) che hanno riempito le mie aule e il mio cuore; a tutte quelle migliaia di occhi intenti e quasi ipnotizzati, a quei visi intelligenti, resi nello sforza dell’apprendere; a quei giovani corpi, pulsanti di vita ma immobili come statue nel silenzio profondo e magico dell’aula, in cui, ad ogni lezione, si rinnovava il sublime rito di quella religione laica che è l’insegnamento universitario.
A tutti loro mi rivolgo oggi con riconoscenza infinita: perché io, più che studioso, preside, rettore. sono stato anzitutto e soprattutto insegnante: e perciò debbo a loro la suprema gioia, l’immensa felicità di aver potuto trasfondere nelle loro menti e nei loro cuori il meglio di me; di aver potuto inculcare in loro, da questa cattedra che sto per lasciare, l’amore per la verità e il culto della giustizia”.